Theo đó Thông tư này quy định đối với việc thành lập, sáp nhập, giải thể các tổ chức trực thuộc tổ chức khoa học và công nghệ(KH&CN); việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, cho từ chức và miễn nhiệm lãnh đạo tổ chức KH&CN; việc quản lý, sử dụng công chức, viên chức, người lao động trong các tổ chức KH&CN.
Về quản lý tài chính và quản lý KH&CN, Thông tư này quy định đối với các nhiệm vụ KH&CN sử dụng kinh phí sự nghiệp khoa học từ ngân sách nhà nước và các nguồn kinh phí khác có tính chất như ngân sách nhà nước, bao gồm vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và vốn từ các Tổ chức phi chính phủ (NGO) do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý